Фамилия Есенгужаева образована от мужского имени Есенгужа, а оно, в свою очередь, — сложносоставное тюркское имя. Первая часть, «Есен», восходит к казахскому или башкирскому «есен» — «здоровый», «невредимый», «благополучный». Вторая часть, «гужа» (или «кожа», «ходжа»), — это традиционный титул «ходжа», означающий «господин», «наставник», «потомок пророка» или просто уважаемый человек. Таким образом, имя Есенгужа буквально означало «благополучный ходжа» или «здоровый господин».

Окончание «-ева» указывает на то, что это женская форма фамилии. Мужской вариант — Есенгужаев. Суффикс «-ев» — типичный русский патронимический суффикс, который присоединялся к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX–XX веках. В отличие от славянских фамилий на «-ов», где основа обычно заканчивается на твёрдый согласный, здесь мы видим суффикс «-ев», потому что основа имени «Есенгуж» заканчивается на мягкий или шипящий звук.

Фамилия распространена среди народов, говорящих на тюркских языках, в первую очередь у казахов, башкир и татар. В русской среде она встречается редко и почти всегда указывает на тюркские корни семьи. Географически носители фамилии чаще всего встречаются в Западном Казахстане, Оренбургской области России и в Башкортостане.

Интересно, что в некоторых документах можно встретить написание «Есенгожаев» или «Исенгужаев». Вариант «Исен» — это тот же корень «есен», но с начальным «и», что характерно для некоторых диалектов башкирского языка. Разница в написании не меняет смысла — это всё та же фамилия, образованная от имени со значением «здоровый и уважаемый человек».