Фамилия Есенгужин — один из тех ономастических памятников, где в одном слове встретились тюркские и персидские корни. Её основа — личное имя Есенгужа, которое в свою очередь составное: первая часть восходит к древнетюркскому «есен» — «здоровый, благополучный», вторая — к персидскому «ходжа» («хозяин, господин»). Звук «г» вместо «х» — естественный фонетический переход, характерный для многих тюркских языков. Выходит, что имя Есенгужа означало «здоровый господин» или «благополучный хозяин», что звучало как доброе пожелание или характеристика.

Однако есть и вторая версия, не менее интересная. В Северо-Казахстанской области, в Тонкерейском районе, существует аул с названием Есенгужа. Если фамилия произошла от этого топонима, то разбор меняется: «есен» остаётся тем же «здоровым», а вторая часть — уже не «ходжа», а древнетюркское «кужа» — «поляна». Тогда Есенгужа — это «благополучная поляна», а фамилия Есенгужин указывала на выходца из этого аула. Обе версии лингвистически состоятельны, но первая (от личного имени) встречается в тюркских фамилиях чаще, чем вторая. Топонимическая гипотеза — скорее частный случай, возможный именно для этого региона.

Сама фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в тюркских фамилиях присоединялся к основам на гласный или мягкий согласный. То есть Есенгужин — буквально «сын (или потомок) Есенгужи». Суффикс указывает на принадлежность к роду, что типично для фамилий, возникших в среде казахских и татарских родов при контакте с русской административной системой в XIX — начале XX века.

Что касается сословной принадлежности, точных данных нет. Имя «ходжа» в прошлом нередко носили люди, возводившие род к арабским проповедникам ислама, — своего рода духовная аристократия. Но в бытовом употреблении «ходжа» могло стать просто уважительным обращением к зажиточному или грамотному человеку. Поэтому предки Есенгужиных могли быть и потомками духовных лиц, и просто уважаемыми людьми в своей общине.