Фамилия Эсенканов — один из тех случаев, когда географическое происхождение важнее, чем разбор корня. Сразу скажем: это не русская фамилия по происхождению, а тюркская, скорее всего киргизская или казахская. Основа здесь — личное имя Эсенкан, которое образовано по распространенной в тюркских языках схеме: «эсен» (здоровый, благополучный, невредимый) плюс «кан» (кровь, а в именах — титул, хан). Получается что-то вроде «благополучный хан» или «здоровый как хан». Имя давали с пожеланием крепкого здоровья и высокого положения.

Русский суффикс -ов, который вы видите в конце, не меняет тюркской сути фамилии. Он появился уже в документах Российской империи, когда местное население Средней Азии и Казахстана записывали в метрики и ревизские сказки. По той же модели образованы фамилии Эсенов, Эсенбаев, Эсенкулов. Но Эсенканов стоит чуть особняком: суффикс -ан в имени указывает на уменьшительно-ласкательную или почтительную форму. То есть Эсенкан — это не просто «Эсен», а «Эсенушка», «милый Эсен», что в быту могло относиться к младшему или любимому сыну.

Географически фамилия тяготеет к северному Кыргызстану и южному Казахстану, особенно к Чуйской долине и окрестностям Бишкека. Встречается она редко — носителей по всему миру, по открытым данным, не больше нескольких тысяч. Это значит, что предки современных Эсенкановых были, скорее всего, скотоводами или земледельцами из одного рода, а сама фамилия закрепилась за потомками одного человека по имени Эсенкан в XIX — начале XX века.

Спорных версий здесь нет: корень прозрачен, а суффикс русской адаптации стандартен. Единственное, что может сбивать с толку — написание через «э». В тюркских языках звук, который в русском записывают как «е», часто передают через «э» в начале слова, чтобы подчеркнуть твердое произношение. Так что Эсенканов — это точная фонетическая запись, а не искажение.