Фамилия Эшанхожаева — редкий пример фамилии, образованной от двух арабских корней, которые в Средней Азии стали частью религиозного и социального титула. В основе лежит имя или прозвище Эшанхожа (Эшан-Хожа), где первая часть, «Эшан», восходит к персидскому «ишан» — «они» (почтительная форма обращения к духовному лицу), а вторая, «хожа» (вариант «ходжа»), — арабское «хваджа», означающее «господин», «хозяин», «наставник». В исламской традиции Центральной Азии «ишан» — это глава суфийского ордена или почитаемый святой, а «ходжа» — потомок пророка Мухаммеда или просто уважаемый учитель. Таким образом, составное имя Эшанхожа могло означать «господин-наставник» или «святой потомок», указывая на высокий религиозный статус предка.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев- (от основы на согласный «ж») и окончанием -а, что типично для русификации фамилий в Казахстане, Узбекистане и других республиках Средней Азии в советский период. Эшанхожаева — женская форма, мужская — Эшанхожаев. В дореволюционную эпоху фамилии у носителей такого звания часто не было, её закрепили при паспортизации 1920–1930-х годов, когда потомков духовных авторитетов записывали по имени отца или деда.

Географически фамилия встречается почти исключительно среди узбеков, таджиков и каракалпаков, реже — у казахов южных регионов. Это не массовая фамилия, а локальная, связанная с определёнными родами или махаллями (кварталами) в Ферганской долине, Хорезме или Самарканде, где почитали местных ишанов. В отличие от фамилий на -ов/-ев от обычных имён, Эшанхожаева несёт явный отпечаток сословной иерархии: её предки, скорее всего, были не крестьянами или ремесленниками, а религиозными наставниками, владевшими землёй и имевшими учеников-мюридов.

С точки зрения словообразования, это так называемая «двукорневая» фамилия, где оба корня — арабизмы, адаптированные через тюркские языки. Споров о происхождении нет: все версии сходятся на том, что Эшанхожа — это титул, а не прозвище по внешности или занятию. Единственная тонкость — разное написание в документах: встречаются варианты Эшанходжаева, Ишанхожаева, Эшан-Хожаева, что связано с разной транслитерацией арабской буквы «و» (вав) в местных говорах.