Фамилия Естёркина — вариант женской формы фамилии Естёркин, и её происхождение стоит искать не в очевидном корне, а в фонетических особенностях русских говоров. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Естёрка, которое, скорее всего, является диалектной формой имени Остафий (Евстафий). В северных и южнорусских говорах начальное «о» нередко заменялось на «е» (ср. Елена из Олена, Ефим из Офим). Так Евстафий — через разговорное Остафий — превращалось в Естафий, а уменьшительная форма Естёрка закрепилась за человеком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Естёркин — «сын Естёрки» или «человек из семьи Естёрки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён на -а/-я. Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит прозвище от диалектного глагола «естерить» — «гнусить, плаксиво говорить», однако имя Евстафий было куда более распространено, и именно оно дало начало множеству фамилий: Остапов, Останин, Естафьев, Естёркин.

Географически фамилия Естёркин встречается в центральных и поволжских областях России, особенно в Нижегородской, Владимирской и Ивановской областях. Это объясняется тем, что в этих регионах были сильны старообрядческие общины, где имя Евстафий (в форме Остафий, Естафий) бытовало особенно часто. Крестьяне и мещане — вот основная среда, в которой закрепилась эта фамилия: в дворянских родах предпочитали книжную форму Евстафьев.

Интересно, что написание через «ё» (Естёркин, а не Естеркин) — не случайность. Оно сохраняет ударение на втором слоге и указывает на произношение, характерное для тех же северных говоров, где «ё» звучит отчётливо. В современном русском языке фамилия может писаться и через «е», но форма с «ё» — более архаичная и точная.