Фамилия Евнукова — случай, когда прозрачная с виду форма скрывает сразу несколько возможных корней, и суффикс здесь играет ключевую роль. Окончание -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын Евнука). Но что стояло в основе — имя, прозвище или искажённое заимствование?

Самый прямой путь — от прозвища Евнук. В древнерусском языке слово «евнух» (через греческое «эвнухос») означало скопца, придворного служителя в гареме. Однако в крестьянской и посадской среде такое прозвище вряд ли давали по прямому значению — слишком специфическая реалия. Скорее, это была ироничная или бытовая характеристика: так могли назвать человека с высоким голосом, безбородого, худощавого или того, кто держался особняком, не участвовал в общих мужских затеях. Прозвища по внешним или поведенческим признакам — один из главных источников русских фамилий, и «Евнук» в этом ряду не исключение, хоть и редкое.

Вторая версия — искажение от канонического имени Евнукий. В святцах это имя встречается (например, мученик Евнукий), но в быту его переделывали до неузнаваемости: Евнук, Евнуха, Евнуш. Тогда фамилия Евнуков — это «сын Евнука», то есть человека с церковным именем, которое в народе сократили. Подобные примеры — Аввакум → Аввакумов, Евтихий → Евтихов — показывают, как легко усекались длинные греческие имена.

Суффикс -ов (а не -ин) подсказывает, что основа оканчивалась на согласный: Евнук, а не Евнуха. Это делает версию с прозвищем или усечённым именем более вероятной, чем, скажем, происхождение от женского имени Евнука (такое в святцах не зафиксировано). Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда» — это характерно для поздних, индивидуальных прозвищных фамилий, которые не успели разойтись по целым волостям.

В словарях прозвищ и фамилий (например, у Веселовского или Никонова) прямого упоминания Евнуковых нет — фамилия редкая, не попавшая в классические подборки. Но по словообразовательной модели она абсолютно стандартна для XVI–XVII веков: прозвище + -ов. Предок носителя, скорее всего, был человеком с заметной особенностью, за которую его и прозвали, — и эта кличка закрепилась за его потомками как фамилия.