Фамилия Эйниев — редкая и необычная по звучанию для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, где корень «эйни» или «айни» имеет прозрачную семантику. В татарском, башкирском и ряде других тюркских языков слово «әйни» (äyni) означает «зеркало». Таким образом, в основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Эйни — «Зеркало». Такие прозвища в тюркской среде давали не по профессии, а по внешнему виду (например, «чистый, как зеркало», или с намёком на блеск, отражение), либо по характеру. Возможен и метафорический перенос: зеркало как символ правдивости, прямоты.

Модель образования фамилии — классическая для русского языка, но адаптированная к иноязычной основе. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность: «Эйниев» буквально означает «сын Эйни» или «из рода Эйни». Это типичная русская патронимическая модель, которая накладывалась на фамилии крещёных татар, башкир, чувашей и других народов Поволжья и Приуралья. Если бы фамилия осталась в исходной тюркской форме, она звучала бы как Эйни (без суффикса) или с аффиксами типа -улы/-кызы.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, основная масса носителей сосредоточена в Дагестане, а также в Чечне и Ингушетии. Это указывает на то, что у корня может быть иная, кавказская этимология. В вайнахских языках (чеченском, ингушском) есть слово «эйна» — «злой, сердитый», или «айни» как вариант имени. Не исключено, что фамилия Эйниев — русифицированная форма чеченской или ингушской фамилии Эйниев/Айниев, где основа восходит к личному имени Эйна (Эйни), которое могло быть прозвищем с характеристикой характера. В таком случае суффикс -ев остаётся тем же русским патронимическим показателем, но приставлен к кавказской основе.

Таким образом, у фамилии два основных пути происхождения: тюркский (от «зеркало») и кавказский (от имени со значением «сердитый»). Первая версия выглядит логичнее с точки зрения словообразовательной модели, но география бытования склоняет к кавказской. Однозначного ответа без генеалогического исследования конкретной семьи нет.