Фамилия Эйзина — яркий пример того, как географическая привязка и этническое происхождение предков могут стать основой для русской фамилии. Она образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Эйзин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Эйза.

В основе фамилии лежит мужское личное имя Эйза, которое представляет собой краткую форму от библейского имени Исайя (Исаия). В русской традиции это имя через греческое посредничество дало такие формы, как Исай, Исайя, а в народной среде, особенно на территориях, где были сильны тюркские или еврейские влияния, оно могло редуцироваться до Эйза. Такое звучание характерно для южнорусских и украинских говоров, где начальное «И» часто переходило в «Ы» или «Э»: Исай → Ысай → Эйза.

Вторая, не менее вероятная версия, связывает фамилию с немецким или еврейским ашкеназским прозвищем Eise (Айзе) — «железо». В этом случае Эйзина — это русифицированная форма фамилии, возникшая при переселении носителей в русскоязычную среду. Суффикс -ин добавлялся к немецким и еврейским фамилиям, чтобы адаптировать их к русской грамматике: Эйзе → Эйзин → Эйзина (женская форма). Такое явление было массовым в XIX веке, особенно в черте оседлости и в Поволжье.

Таким образом, предки носителей фамилии Эйзина могли быть выходцами из южнорусских земель, где имя Исайя звучало как Эйза, либо еврейскими или немецкими колонистами, чью фамилию «перекроили» по русскому образцу. Фамилия редкая, не имеет массовой географии, что говорит о её относительно позднем закреплении или о локальном характере распространения — например, в одной волости или городе.