Фамилия Ежунинов — редкий случай, когда прозвище или имя-основа не лежат на поверхности. Самое очевидное, что приходит на ум, — связь с ежом. Но если бы фамилию образовали напрямую от этого животного, она звучала бы как Ежов или Ежиков. Суффикс -унин указывает на другой путь: в основе лежит не слово «ёж», а неканоническое имя или прозвище Ежуня.

В русской ономастике суффикс -ун(я) часто давал именам и прозвищам оттенок носителя качества или действия: говорун, ворчун, плаксуня. Соответственно, Ежуня — это человек, которого прозвали за сходство с ежом: колючий, неуживчивый, либо, наоборот, маленький и юркий. Такие прозвища на Руси давали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику. От Ежуни через стандартный патронимический суффикс -ов и получилась фамилия Ежунинов — буквально «сын Ежуни».

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «ежуня» — так в некоторых говорах называли ершистого, придирчивого человека. В этом случае происхождение то же, но подчёркивается не внешность, а характер.

Фамилия явно недворянская и недуховная — её нет в списках столбового дворянства или семинарских фамилий. Скорее всего, она возникла в крестьянской или мещанской среде центральной России. Суффикс -ин-ов встречается реже, чем простой -ов, и указывает на более сложную словообразовательную цепочку: сначала прозвище Ежуня, затем отчество Ежунин, а от него — фамилия Ежунинов. Такая модель характерна для северных и восточных регионов, где отчества на -ин могли переходить в фамилии с добавлением -ов.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители Ежуниновых живут в основном в Пермском крае и Кировской области, что косвенно подтверждает северное происхождение модели. Точных сведений о дате первого упоминания нет, но, судя по типу образования, фамилия сложилась не раньше XVII века, когда прозвища начали массово закрепляться в качестве наследственных имён.