Фамилия Ежуновы — одна из тех, где за привычным окончанием скрывается нецерковное, мирское имя. В основе лежит имя Ежун, а оно, в свою очередь, образовано от слова «ёж». Такие имена-прозвища от названий животных — древняя славянская традиция: называя сына Ежом, Ежунком или Волком, родители верили, что ребёнок перенимает свойства зверя — у ежа это колючая защита, хозяйственность, умение сворачиваться клубком перед опасностью. Имя должно было сделать природу «своей» для младенца, оберечь его.

Модель образования проста: к основе Ежун прибавился патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ежуна». То есть Ежуновы — это буквально «чьи? — Ежуновы дети». Суффикс -ов — самый распространённый в русских фамилиях, он вытеснил более древний -ин в тех случаях, когда основа оканчивалась на согласный.

Стоит заметить, что имя Ежун — не единственная возможная основа. В говорах существовало слово «ежун» в значении «колючий, неуживчивый человек», и фамилия могла закрепиться за таким прозвищем уже во взрослом возрасте, минуя стадию личного имени. Но версия с мирским именем выглядит убедительнее: имена от «ежа» фиксируются в старых актах — например, крестьянин Еж упоминается в новгородских писцовых книгах XV века.

Фамилия Ежунов встречается в основном в центральных и северных областях России, где была сильна традиция нецерковных имён. Точную дату возникновения назвать нельзя — фамилии крестьян и горожан оформлялись вплоть до XIX века, но корни уходят в допетровскую эпоху. В написании путаницы почти не бывает: варианты вроде «Ежуннов» с двойной «н» — редкая ошибка, не закрепившаяся в документах.

Как и многие фамилии от «колючих» прозвищ (Ежов, Ёжиков), Ежуновы несут в себе отпечаток древнего народного мировоззрения, где имя было не ярлыком, а оберегом и пожеланием судьбы.