Фамилия Фаель — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые сразу указывают на происхождение от отчества или прозвища. Поэтому первая мысль: фамилия не русская по корню, а пришла из другого языка и была адаптирована.

Скорее всего, основа фамилии восходит к немецкому или еврейскому (ашкеназскому) имени Фаэль (Fael). В немецкой традиции это может быть вариант имени Файель (Feil, Vail), которое, в свою очередь, связано с древневерхненемецким словом «fali» — «бледный», «светлый». Такое прозвище давали человеку со светлыми волосами или бледной кожей. У еврейских носителей фамилия могла образоваться от аббревиатуры или от названия местности, например, от города Фалешти в Молдавии (бывшая Бессарабия), где в XIX веке жила значительная еврейская община. В этом случае фамилия указывает на выходца из этого местечка.

На русской почве фамилия Фаель почти не встречается в старых переписных книгах. Она могла появиться у потомков немецких колонистов, которых приглашали в Россию при Екатерине II, или у еврейских семей, получивших фамилии при переходе на русский язык в XIX веке. Суффикс -ель в конце — типичный для немецких фамилий (сравните: Мюллер, Шнайдер), а в русском произношении ударение, скорее всего, падает на первый слог: Фа́ель.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от слова «фай» — «польза», «выгода») маловероятна: в тюркских языках такое сочетание звуков нехарактерно для фамилий. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение — западноевропейское, с возможной еврейской или немецкой географической привязкой. Фамилия Фаель — это не исконно русское образование, а след миграции и языкового контакта, сохранившийся в неизменной форме.