Фамилия Фагамутдинов — редкий случай, когда основа фамилии не сразу поддаётся разбору на слух. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов, остаётся корень «Фагамутдин». Это искажённая запись арабского имени Фахруддин (или Фахретдин), которое в переводе означает «гордость веры» (от «фахр» — гордость, честь, и «дин» — вера, религия). В русской бытовой и паспортной традиции такие сложные восточные имена часто упрощались или записывались на слух: так Фахруддин мог превратиться в Фахмутдина, а затем, с заменой глухого звука на звонкий, в Фагамутдина. Фамилия образована по модели, типичной для татарского, башкирского и других тюрко-мусульманских народов Поволжья и Приуралья: к личному имени отца прибавляли русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Фагамутдина»). Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды татарского или башкирского духовенства либо из крестьянских семей, где имя давали в честь почитаемого религиозного деятеля. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается вариант «Фахмутдинов» — он ближе к исходному арабскому звучанию, но форма «Фагамутдинов» закрепилась благодаря акающему произношению (когда безударная «о» звучит как «а»). Других версий происхождения, кроме как от личного имени, у этой фамилии нет — ни профессионального, ни прозвищного следа в ней не прослеживается.