Фамилия Факанов — один из тех случаев, когда корень слова звучит неожиданно, но за ним стоит либо географическое название, либо редкое прозвище. Разбирать её лучше всего с привязки к местности, потому что прямого очевидного значения в русском языке у основы «Факан» нет.

Скорее всего, в основе фамилии лежит тюркское или арабо-персидское слово. В ряде тюркских языков «факан» или «пакан» означает «свинец», «металл» или «тяжёлый груз». Прозвище Факан могли дать человеку, работавшему с рудой, либо кузнецу, либо просто грузному и сильному мужчине. Другая версия — топонимическая: на Кавказе и в Средней Азии есть несколько мелких речек и урочищ с названием Факан или Факана. Переселенцы, уехавшие в центральные губернии России, могли получить фамилию по месту выхода.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в русской среде по стандартной патронимической модели: «чей?» — «Факанов», то есть сын или потомок Факана. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не входит в списки массовых русских фамилий. В дореволюционных переписях и современных телефонных справочниках единичные носители фиксируются в Оренбургской области и на Южном Урале — как раз в зоне контакта с тюркскими народами.

Менее правдоподобная, но встречающаяся в любительских генеалогиях версия — связь с греческим «φαγος» (пожиратель) или с латинским «fagus» (бук). Для русского быта эти корни неорганичны, и удерживать их как основную гипотезу нет оснований. Таким образом, Факанов — фамилия с тюркским следом, закрепившаяся в русском ономастиконе через прозвище или название поселения.