Фамилия Факанова — редкий случай, где неочевидное звучание скрывает под собой простую и логичную словообразовательную модель. Вопреки ожиданиям, её корень не связан с бранной лексикой. Основа здесь — «Факан», а суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Факанов — сын Факана. Женская форма Факанова, соответственно, означает «жена или дочь Факанова».

Само прозвище или имя Факан, скорее всего, имеет тюркское происхождение. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) слово «факан» или близкое к нему «факих» означало «знающий», «сведущий в законе», «правовед». В дореволюционной России такое прозвище могли дать человеку, который разбирался в обычаях, шариате или просто слыл грамотным и рассудительным. Встречается и версия, связывающая корень с арабским «факих» — богослов, знаток исламского права, что указывает на возможную связь предков с духовным сословием.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически было сильно татарское и башкирское влияние: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века носители фамилии Факановы фиксировались в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях. Среди них встречались как крестьяне, так и представители купечества, что говорит об отсутствии жёсткой сословной привязки.

Любопытно, что фамилия почти не встречается за пределами России и стран бывшего СССР. Это указывает на её позднее оформление — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда у крещёных татар и башкир массово закреплялись фамилии по отцу. Если предки были мусульманами, то фамилия могла писаться через «х» — Фаханов, но со временем, при переходе в православие или в результате канцелярской ошибки, буква «х» заменилась на «к», что и дало современное написание.

В русском языке фамилия получила дополнительную огласовку: ударение, как правило, падает на второй слог — Фака́нова, хотя в тюркских языках ударение могло быть на последнем. Сегодня это редкая фамилия, и её носители сосредоточены в основном в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области.