Фамилия Фахаргалее — редкий пример тюркского наследия в русском ономастиконе, который почти не встречается за пределами Башкортостана и соседних регионов. Её основа восходит к мужскому имени Фахаргали, а оно, в свою очередь, — сложное арабо-персидское образование: первая часть «фа́хр» (араб. فخر) означает «гордость», «слава», «честь», вторая — «гали» (араб. علي — ‘али) — «высокий», «великий», «возвышенный». Вместе имя можно перевести как «гордость великого» или «высокая честь», что типично для мусульманских имён-композитов, прославляющих божественные качества.

Особенность фамилии — в её суффиксальной модели. В русской среде фамилии тюркского происхождения чаще оформляли суффиксами -ов/-ев, -ин, реже — -ский. Здесь же мы видим окончание -ев, но, что примечательно, без типичного для русского языка наращения: основа Фахаргалее- уже содержит конечный гласный, и суффикс как бы «встроен» в исходную форму. Это говорит о том, что фамилию фиксировали с уже адаптированного к русской морфологии имени: Фахаргалей → Фахаргалеев, но в бытовом произношении или при небрежной записи окончание могло редуцироваться до -е (сравните: Галеев, Мавлеев). В результате закрепился вариант Фахаргалее, который встречается и как самостоятельная фамилия, и как искажённая форма от Фахаргалеев.

Географически фамилия привязана к Башкортостану, особенно к южным и западным районам, где традиционно сильны башкирские и татарские роды. Это не случайно: имя Фахаргали было распространено среди башкир и волго-уральских татар, а фамилия на -ев (или -е) указывает на патронимическое происхождение — «потомок Фахаргали». Социальный статус носителей в прошлом мог быть разным: от мулл и учителей медресе до крестьян-общинников, поскольку имя не было строго сословным.

Важно не путать фамилию с похожей по звучанию Фахаргалеевой — это разные записи одного корня. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках можно встретить оба варианта, что подтверждает вариативность при переходе из арабо-тюркской письменности в кириллицу. Сегодня Фахаргалее — фамилия малочисленная, её носители живут в основном в Башкортостане, а также в татарских диаспорах Урала.