Фамилия Фахаргалеев — редкий пример тюрко-персидского сращения, которое попало в русскую фамильную модель. Её основа составная: первая часть восходит к арабско-персидскому «фахр» (гордость, слава, честь), вторая — к тюркскому «гали» (от арабского «али» — высокий, возвышенный, великий). Вместе имя Фахаргали (Фахргали) можно перевести как «гордость великого» или «слава возвышенного». Это типичное для мусульманских народов Поволжья и Приуралья теофорное имя, где вторая часть отсылает к одному из имён Аллаха (аль-Али — Высочайший).

Фамилия образована по русской патронимической модели: к имени Фахаргали добавили русский суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Так в конце XIX — начале XX века оформляли фамилии татары, башкиры и другие тюркоязычные народы, входившие в состав Российской империи. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Фахаргали». Если бы фамилия осталась в тюркской среде, она могла бы звучать как Фахаргалиев или Фахргалиев, но конечное -ев закрепилось под влиянием русской канцелярии.

Географически фамилия Фахаргалеев тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбуржью. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не встречается — это говорит о её сравнительно позднем возникновении. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при всеобщей паспортизации в 1920–1930-е годы. Встречаются варианты написания Фахаргалиев (с сохранением тюркского суффикса -ий) и Фахаргалеев (с перестановкой гласных). Наиболее редкий вариант — Фахргалеев, где выпала гласная «а» в первой части.

С точки зрения ономастики, фамилия интересна тем, что её корень «фахр» в русских фамилиях почти не встречается отдельно — обычно он входит в состав имён Фахрутдин, Фахри, Фахрази. Фахаргалеев — один из немногих случаев, когда этот корень соединился напрямую с эпитетом «гали», минуя промежуточные суффиксы. Это делает фамилию своеобразным лингвистическим мостом между арабской поэтикой имени и русским бытовым фамилиеобразованием.