Фамилия Фахаргалеева — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение, причём довольно позднее по времени оформления. Её основа — арабское имя или прозвище, прошедшее через татарскую или башкирскую языковую среду. Разберём по составу: корень «Фахар» (или «Фахар») восходит к арабскому «фахр» — «гордость, слава, честь». Второй элемент «галей» (или «гали») — от арабского «гали» — «высокий, возвышенный, дорогой». В сумме «Фахаргали» можно перевести как «гордость высоты» или «славный и возвышенный» — типичный для мусульманского именника комплиментарный составной антропоним.

Окончание «-ева» — русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии по русской модели. Это указывает на то, что носители фамилии — из татарских или башкирских родов, которые в XVIII–XIX веках, при переписях и введении обязательных фамилий, получили русифицированное окончание. Сама фамилия — женская форма (мужская, соответственно, Фахаргалеев). В татарской среде такие фамилии на «-ев» и «-ов» обычны: они заменяли исконные окончания «-улы» (сын) и «-кызы» (дочь).

Интересная деталь — редкость корня «Фахар». В отличие от распространённых «Галиев», «Фахретдинов» или «Фархутдинов», комбинация «Фахаргалеев» встречается значительно реже. Это может говорить о том, что фамилия произошла не от широко распространённого имени, а от прозвища или локального имени, бытовавшего в конкретной местности — скорее всего, в Закамье или на Южном Урале, где плотно живут татары и башкиры.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, из крестьян или мещан, а не из духовенства или знати, потому что у мусульманских священнослужителей чаще встречались фамилии с элементом «-тдинов» (от «дин» — вера). Фахаргалеевы — это люди, чей предок носил гордое имя Фахаргали, и это имя закрепилось за родом при переходе к русской системе фамилий. Споров по этимологии почти нет: арабская основа и тюркское посредничество очевидны.