Фамилия Факунина — женская форма фамилии Факунин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Факунин буквально значит «сын или потомок Факуни». В основе лежит прозвище или неканоническое имя Факуня, которое могло образоваться от глагола «факать» — в старых русских говорах это слово означало «хватать, хапать, жадно брать». Человек с таким прозвищем, скорее всего, отличался хваткостью, цепкостью или даже жадностью — качеством, которое в крестьянской среде не одобряли, но замечали.

Есть и другая, менее вероятная версия: Факуня — это форма крестильного имени Фока (от греческого «тюлень»). В народном произношении имя Фока могло дать варианты вроде Фоканя, Фокунь, а далее — с заменой согласного — Факуня. Однако фонетический переход «ок» в «аку» нехарактерен для русской диалектной нормы, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия Факунин встречается крайне редко. По данным открытых источников, её носители в основном фиксируются в центральных областях России, в частности в Тверской и Ярославской губерниях. Там, в среде крестьян и мещан, прозвища, данные по поведению или характеру, часто становились основой фамилий. Факунин мог быть потомком человека, которого в деревне прозвали Факуней за его привычку «факать» — то есть быстро и жадно хватать всё, что плохо лежит.

Таким образом, фамилия Факунина — это не про морскую фамилию, а про бытовую характеристику предка, которая закрепилась в родовом имени.