Фамилия Фаляфутдинов — яркий пример того, как тюрко-персидское имя, пройдя через русскую грамматику, превратилось в фамилию. Её основа — арабское имя Фаляфутдин, которое бытует в среде татар и башкир. Разобрать его можно на две части: «фаля» (араб. فضل — «достоинство», «превосходство», «щедрость») и «дин» (араб. دين — «вера», «религия»). В сумме Фаляфутдин означает «превосходство веры» или «достоинство религии» — типичное для исламского мира теофорное имя, прославляющее качества благочестия. Русский суффикс -ов присоединился к нему по модели «чей?» — «сын Фаляфутдина», что и дало фамилию Фаляфутдинов.

Словообразовательная модель здесь стандартная для фамилий народов Поволжья: тюркское или арабо-персидское личное имя + русский патронимический суффикс. Однако суффикс -ин в этой фамилии не появился, хотя по правилам русского языка после основ на мягкий согласный (как в «Фаляфутдин») ожидался бы именно -ин (сравните: Гараев, но Ахметов). Здесь сработала аналогия с фамилиями на -ов, которые для татарских фамилий конца XIX — начала XX века стали почти универсальным образцом при русификации. Поэтому Фаляфутдинов, а не Фаляфутдинин.

Географически фамилия почти полностью привязана к Татарстану, Башкортостану и прилегающим регионам Урала и Западной Сибири, куда мигрировали татары. Встречаются варианты написания: Фаляфутдинов и реже Фаляфутдинов. В метрических книгах XIX века имя Фаляфутдин фиксировали у казанских татар и башкир, причем часто в форме Фаляфетдин или Фаляфутдин — это результат разного прочтения арабской вязи, где гласные не обозначаются. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, так как фамилии с «высоким» религиозным значением не указывали на социальный статус — их давали и муллам, и простым общинникам.

Примечательная деталь: имя Фаляфутдин — сравнительно редкое даже для татарского ономастикона. В отличие от массовых Мухаммад- или Абдул-основ, Фаляфутдин встречается реже, что делает фамилию Фаляфутдинов хорошим маркером родства по мужской линии: если фамилия не была изменена при переезде, её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого рода или даже конкретного села.