Фамилия Фамакин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы в ней разобраться, нужно отбросить очевидные ассоциации и посмотреть на словообразовательную модель.

Основа фамилии — «Фамак». Это неканоническое имя или прозвище. Скорее всего, перед нами вариант греческого имени Фома (Thomas), которое в русской традиции давало формы Фома, Фомка, а в диалектах, особенно на юге и в Белоруссии, превращалось в «Хома», «Хомак» или «Фамак». Переход «Ф» в «Х» и обратно — обычное дело в народной этимологии. Таким образом, Фамакин — это «сын Фамака», то есть потомок человека по имени Фома.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: чей? — Фамакин. Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на «-а» или «-я». Интересно, что фамилия закрепилась именно с ударением на второй слог (ФамАкин), что отличает её от более частых форм вроде Фомин или Фомкин. Это говорит о том, что прозвище Фамак было распространено в какой-то замкнутой среде — возможно, в среде крестьян или однодворцев южнорусских губерний, где «аканье» и замена «о» на «а» в безударной позиции стали нормой.

Географически фамилия Фамакин встречается крайне редко, в основном на юге России и в восточной Украине. В дореволюционных источниках её почти нет, что намекает на позднее оформление — вероятно, уже после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по прозвищам отцов. Второй, менее вероятный вариант: фамилия могла возникнуть от тюркского или арабского имени Фамак (в значении «луна» или «месяц»), но это требует дополнительных доказательств, которых пока нет. Правдоподобнее всего — греческий корень через форму Фома.