Фамилия Фанаилов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Фанаилов) и присмотреться к основе «Фанаил». Это имя, а не прозвище, и здесь кроется главная загадка.

Самая вероятная версия выводит Фанаила из канонического церковного имени Фануил (встречается в православных святцах). Фануил — древнееврейского происхождения, означает «лицо Божие» или «Божий лик». В просторечии имя могло упроститься: звук «у» перешёл в «а» (Фануил → Фанаил), а затем добавился типичный русский суффикс обладания -ов. Так от имени Фанаил образовалась фамилия, буквально означающая «потомок Фанаила». Модель стандартная: редкое крестильное имя плюс «родовой» суффикс.

Менее убедительна версия о тюркском следе. В некоторых тюркских языках есть слово «фана» (смерть, тленность) с арабскими корнями, но для образования фамилии с суффиксом -ил-ов это выглядит натяжкой: основа нехарактерна для русской ономастики, а имя Фанаил в этой среде не фиксируется.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно на юге России и в Поволжье — в зонах, где традиционно была высока доля старообрядческого или сельского духовенства. Фануил — имя нечастое, его могли давать в семьях, близких к церкви, или в среде, где чтили редких святых. Носители фамилии Фанаилов, скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени деда или отца, а не по сословной принадлежности.

Сравните с однокоренными: Фануилов — более точная фонетическая форма, но именно Фанаилов показывает, как имя перерабатывалось живой речью. Фамилия не знатная, не дворянская, но в ней сохранился след библейского имени, которое в быту звучало проще и короче.