Фамилия Фандюхова — женская форма от Фандюхов, и её разговорный, почти простонародный облик сразу выдаёт прозвищное происхождение. В основе лежит слово «фандюх» или «фандя», которое в русских говорах имело ироничное или уничижительное значение — так могли назвать нерасторопного, простоватого человека, разиню. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «фандить» — важничать, чваниться, но в народной речи «фандя» чаще означало простофилю или того, кто ходит с растерянным видом. Таким образом, первый носитель фамилии (Фандюх) получил уличное прозвище по характеру или манере поведения, а его потомки стали Фандюховыми.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов- присоединился к основе прозвища «Фандюх». Суффикс -юх- в самом прозвище — уменьшительно-пренебрежительный, как в словах «пентюх», «тюфтюх», что дополнительно подчёркивает насмешливый оттенок. Фамилия не могла возникнуть от крестильного имени — ни в православных святцах, ни в древнерусском именослове нет ничего похожего на «Фандюх». Это чисто прозвищная фамилия, каких много в среде крестьян и посадских людей XVII–XVIII веков.

Географически фамилия Фандюховых тяготеет к центральным и южным регионам России. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она встречается в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища: скорее всего, оно было в ходу в одном-двух сёлах или уездах, а не по всей стране. В современной России носители фамилии живут преимущественно в тех же областях — Тамбовской, Липецкой, Воронежской, а также в Москве и Подмосковье.

Интересно, что фамилия сохранила редкий корень, который почти не встречается в других русских фамилиях. Можно вспомнить разве что Фандеева (от Фандей — народная форма имени Фаддей), но это совсем другая этимология. Фандюховы же стоят особняком — их фамилия осталась памятником живому народному языку, в котором смешное или обидное прозвище закрепилось на века.