Фамилия Фандюхина — редкий случай, когда основа, казалось бы, говорит сама за себя, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. С первого взгляда корень «фанд» кажется заимствованным, но при внимательном разборе выясняется, что перед нами типичная русская диалектная фамилия, которую не встретишь в центральных областях.

Фамилия образована по самой распространённой модели: от прозвища или имени Фандюха через притяжательный суффикс -ин. Суффикс -юх- (в основе Фандюх-) — характерный признак просторечных, часто пренебрежительных или уменьшительных форм личных имён в русских говорах. Сравните: Андрюха от Андрей, Васюха от Василий. Значит, Фандюха — это производное от какого-то более полного имени или прозвища.

Основная версия отсылает к каноническому имени Фаддей. В народном произношении имя Фаддей (от арамейского «хвала») нередко звучало как Фандей, а его разговорная форма — Фандя. От Фанди легко образуется Фандюха, а от неё — Фандюхин. Звуковой переход «дд» в «нд» для русских говоров не редкость, особенно в северных и рязанских землях. Таким образом, Фандюхин — это «внук» или «сын Фаддея», то есть потомок человека, которого в быту звали Фандюхой.

Вторая, менее вероятная версия, — связь с глаголом «фандить» или «фандеть». В некоторых южнорусских говорах это слово означало «капризничать, привередничать, дуться». Прозвище Фандюха могли дать обидчивому или капризному человеку. Однако эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, а имя Фаддей было широко распространено среди крестьянства, особенно до революции.

География фамилии подсказывает, что её носители — выходцы из южных регионов России, в первую очередь из Воронежской, Курской и Ростовской областей. Там же встречаются однокоренные фамилии Фандеев, Фандеев, Фантюхин — все они восходят к тому же Фаддею, но в разных диалектных вариантах. Фандюхина — женская форма фамилии, и её носительница, скорее всего, происходит из крестьянской среды, где имя Фаддей было обычным, а прозвищные формы на -юха — повседневной нормой общения.