Фамилия Фандина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Фандин. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Раз фамилия Фандин, значит, в её основе лежит слово или имя, кончающееся на «а»: Фанда. Что это могло быть?

Самая вероятная версия — происхождение от уменьшительной формы крестильного имени Фаддей (в просторечии — Фаддей, Фадей). В народной речи имя могли сокращать до Фаня, Фанда (с характерным для русских говоров добавлением «н» между гласными, ср. «Анна» — «Аннушка»). Тогда Фанда — это ласковое или бытовое прозвище человека по имени Фаддей. Фандин, соответственно, — «чей?» — сын, потомок Фанды. Такая модель (от канонического имени через усечение и суффикс) — одна из самых распространённых в русских фамилиях XVII–XIX веков.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «фанда». В некоторых северных и сибирских говорах так называли хвастуна, бахвала, пустого человека. В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище, данное за характер. Однако у этой гипотезы слабая опора: слово «фанда» фиксируется редко и локально, а имя Фаддей в прошлом было широко распространено среди крестьян и купцов, что делает первую версию более убедительной.

Географически фамилия Фандин (и Фандина) встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает версию о народной форме имени: именно в северных говорах усечение имён до коротких форм с суффиксом -а было особенно характерно.

Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Встречается она нечасто, что делает её носителей обладателями довольно редкого родового имени с прозрачной, но небанальной этимологией.