Фамилия Фандеева происходит от арабо-персидского мужского имени Фандей, которое переводят как «преданный всем сердцем науке» или «отдающий всю душу науке». Родители, нарекая сына таким именем, желали ему стать прилежным учеником и мудрым человеком. От этого имени через отчество и возникла фамилия: Фандей → Фандеев сын → Фандеев.

Разбираем словообразовательную модель. Фамилия Фандеева — это типичная русская «патронимическая» фамилия с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или й. Здесь основа — имя Фандей, где конечный звук й смягчается, поэтому мы видим не -ов, а -ев. Женская форма Фандеева — это просто указание на жену или дочь Фандея, тогда как мужская форма — Фандеев.

Существует и менее вероятная версия, которую стоит упомянуть для полноты. Она возводит фамилию к украинскому слову «фанда» — «длинный кнут». В этом случае Фандеем могли прозвать пастуха, худого и долговязого человека или мастера по изготовлению кнутов. Однако эта гипотеза выглядит слабее: во-первых, имя Фандей реально зафиксировано в арабо-персидской традиции, а во-вторых, прозвище от слова «фанда» было бы более узкорегиональным и вряд ли дало бы такую распространённую форму с суффиксом -ев. Поэтому основная версия — именно от личного имени.

Само имя Фандей встречается в православных святцах, что объясняет его бытование в русской среде. Священник или крестьянин, носивший это редкое имя, передавал его детям, а те уже становились Фандеевыми. Процесс закрепления фамилий в России был долгим: у крестьян они окончательно утвердились лишь к концу XIX века, поэтому точно сказать, где и когда возник конкретный род Фандеевых, можно только после глубоких генеалогических изысканий. Но сама фамилия — редкая и книжная, она выдаёт в предках человека, получившего имя не из простонародного обихода, а из церковного календаря, что само по себе любопытно.