Фамилия Фандей в большинстве случаев восходит к мужскому личному имени, которое пришло в русскую культуру из арабо-персидского мира. В переводе оно означает «преданный всем сердцем науке» или, в более широком смысле, «отдающий всю душу науке». Такое имя давали сыну с понятным пожеланием: чтобы он вырос прилежным учеником, стремился к знаниям и преуспел в учёбе. Модель образования здесь простая и типичная для русских фамилий: имя отца без изменений стало фамилией потомков, то есть мы имеем дело с так называемой «бессуффиксной» или «нулевой» формой, когда окончание имени собственного и фамильного совпадает. Это встречается реже, чем привычные -ов, -ев или -ин, и сразу выделяет фамилию из общего ряда.

Однако у этой фамилии есть и вторая, менее вероятная, но любопытная версия происхождения. Она связывает Фандея с украинским словом «фанда» — «длинный кнут». Если принять эту гипотезу, то прозвище Фандей могло закрепиться за пастухом, который управлялся с длинным бичом, за худым и долговязым человеком, которого сравнивали с кнутовищем, или же за мастером, который такие кнуты изготавливал. Прозвища по ремеслу или внешности — один из самых древних пластов русских и украинских фамилий, и в этом смысле версия не выглядит надуманной. Но всё же она уступает первой по убедительности: имя Фандей с прозрачной семантикой «любящий науку» встречается в восточных источниках, тогда как связь с «фандой» прослеживается хуже и носит скорее местный, диалектный характер.

Интересно, что фамилия не получила распространения, осталась редкой. В этом её уникальность: она не стёрлась в массовом употреблении, не обросла десятками вариантов написания. Тот, кто носит фамилию Фандей сегодня, держит в памяти сразу два возможных образа предка — учёного книжника, чьё имя звучало как благословение на учение, или же крепкого деревенского пастуха с длинным кнутом в руках. Обе версии по-своему колоритны, но первая, с акцентом на образованность и прилежание, выглядит более осмысленной как семейное пожелание и потому заслуживает доверия в первую очередь.