Фамилия Фандеков — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка ведёт в одну точку: в прозвище или профессию, связанную с флагом. Основа «фандек» — это искажённое диалектное или просторечное произношение слова «флаг» или «фант». В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, слово «фант» (немецкое Pfand — залог) означало не только предмет в игре, но и значок, ленту, лоскут материи. Отсюда «фандек» — человек с яркой приметой, носитель какого-то знака, либо тот, кто мастерил такие значки.

Суффикс «-ов» стандартен для русских фамилий, но сама основа неканоническая. В отличие от фамилий от крестильных имён (Иванов, Петров), Фандеков не имеет церковных корней. Это типичная «мирская» фамилия, образованная от прозвища, которое давали по внешнему признаку или роду занятий. Вполне вероятно, что предок Фандеков был знаменосцем — в старину такая должность была почётной, но слово «знамя» в народе заменяли более простыми «флаг», «фант», «хоругвь». В местных говорах «фандеком» могли называть и бойкого, заметного человека — того, кто «мелькает, как флажок».

Ономастика подтверждает, что фамилии с корнем «фант-» встречаются редко и в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская губернии), а также в казачьих областях, где военная атрибутика была в ходу. В словаре Б. Унбегауна фамилия не упоминается, что говорит о её локальном или позднем происхождении — скорее всего, она закрепилась в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Фандек (вариант Фандик), но она не находит надёжных подтверждений. Русское ухо легко переделывало заимствования, и «фандек» звучит именно как народное переосмысление «флага» — с характерным для просторечия добавлением суффикса «-ек» (ср. «хлебец», «столбик»). Так что Фандековы, скорее всего, потомки либо заметного на селе человека, либо того, кто нёс службу под знаменем.