Фамилия Фандиенко — яркий пример украинской модели фамилеобразования с суффиксом -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках стал главным маркером украинских фамилий, вытеснив более архаичные формы. Фандиенко — значит «потомок Фандия». В основе лежит прозвище или неканоническое имя Фандий, которое, скорее всего, имеет греческие корни.

Самая вероятная версия связывает Фандия с греческим именем Фандий (греч. Φάντιος). В православных святцах такого имени нет, но в греческой среде, особенно в Причерноморье и среди запорожского казачества, встречались имена, производные от слов φάος («свет») или φαίνω («являть, светить»). Не исключено, что Фандий — это народная переработка крестильного имени Феофан («Богоявление») или Афанасий («бессмертный»), где начальный звук редуцировался. В украинской среде сложные греческие имена часто усекали до более простых форм.

География фамилии Фандиенко довольно узкая. Она почти не встречается в центральной России, зато компактно бытует на юго-востоке Украины — в Запорожской, Днепропетровской, Харьковской областях. Это указывает на происхождение из среды запорожских казаков или позднейших переселенцев с Правобережья. Фандиенко — не дворянская фамилия, а типично крестьянская или казацкая, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах Российской империи.

В написании фамилии возможны варианты через «т» — Фандиенко и Фандієнко (украинская орфография). Встречается также форма Фондиенко, что связано с аканьем в южнорусских говорах. Родственных фамилий немного: Фандеев, Фандеенко, Фандиков — все они восходят к той же основе Фанд(ий), но образованы разными суффиксами (русским -ев и украинским -енко). Таким образом, Фандиенко — это не переосмысленное иностранное слово, а живое свидетельство того, как греческое имя через казацкую среду превратилось в фамилию с чёткой региональной привязкой.