Фамилия Фадюхина образована от мужского крестильного имени Фаддей (в просторечии Фадей), которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского это имя означает «достойный похвалы». В основу фамилии легла не полная, а производная, обиходная форма имени — Фадюха. Такие «домашние» варианты имен были широко распространены в крестьянской и мещанской среде, поэтому, скорее всего, основатель рода Фадюхиных был выходцем из простого сословия, а не из знати.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Фадюхина буквально означает «дочь или жена Фадюхи», а изначально, в мужском варианте Фадюхин, — «сын Фадюхи». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Интересно, что имя Фаддей в народной среде часто переделывали на свой лад, отсюда и пошли такие формы, как Фадюха, Фадюшка, Фадя. Именно от этих уменьшительных вариантов и возникли родственные фамилии: Фадеев, Фадюшин, Фадюхин.

Святым покровителем имени считается святитель Фаддей, апостол от семидесяти, который нес веру Христову людям. Однако на формирование фамилии это обстоятельство повлияло лишь косвенно: имя было распространено, а значит, и фамилий от него образовалось много. В написании фамилии Фадюхина мы видим букву «ю», которая отражает народное произношение имени — через «ю», а не через «е». Эта деталь говорит о том, что фамилия закрепилась в той среде, где имя произносили по-простому, как Фадюха, а не книжно — Фаддей.

Таким образом, потомок человека по имени Фадюха со временем получил фамилию Фадюхин, а его жена или дочь стали писаться Фадюхина. Это типичная история для русских родов, ведущих свое начало от крестьян и посадских людей, у которых отчество постепенно превратилось в наследственное семейное прозвание.