Фамилия Фарафошина — женская форма от Фарафошин, и её разбор сразу упирается в редкую и неочевидную основу. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ, здесь корень «Фарафош-» не встречается ни в крестильных святцах, ни в распространённых диалектных словарях. Это заставляет искать объяснение в искажённом произношении или в заимствовании.

Наиболее вероятная версия: Фарафошин восходит к имени Фарафонт или Фарафонтий. Это просторечная, «обкатанная» в народе форма канонического имени Ферапонт (греч. «слуга, спутник»). В русских говорах имя Ферапонт часто переделывали в Фарафон, а от него образовывали уменьшительно-пренебрежительное Фарафошка. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Фарафоши, то есть потомок человека по прозвищу Фарафошка. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены.

Менее вероятная, но встречающаяся в любительских этимологиях версия связывает фамилию с греческим словом «фара» (свет) или тюркским «фараф» (отдельный). Однако эти гипотезы не выдерживают проверки: ни в одном серьёзном ономастическом источнике (например, в работах Б. Унбегауна или В. Никонова) нет упоминаний о таком корне в русской антропонимии. Скорее всего, это случайное созвучие, а не реальная основа.

Географически фамилия Фарафошин редкая, встречается точечно — в основном в Поволжье и на Урале. Это косвенно подтверждает версию о народной переделке имени: именно в этих регионах старообрядцы и крестьяне часто адаптировали церковные имена до неузнаваемости. Носитель фамилии мог быть потомком крестьянина или ремесленника, которого в быту звали Фарафошка, а в документах записали как Фарафошин. Сословной элиты за этой фамилией не числится — она из тех, что хранят память о живом, нелитературном языке предков.