Фамилия Фарафошкин — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешний признак, а звукоподражательное прозвище. Её ядро — слово «фарафо́шка» или «фарафо́шкать», которое в русских говорах означало «говорить быстро, невнятно, тараторить», а иногда — «пустословить, болтать вздор». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, отличался скороговоркой или любил поговорить без умолку.

Модель образования проста: к основе «Фарафошк-» добавили патронимический суффикс -ин, типичный для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а/-я (сравните: Фомин, Савин). Суффикс -к- в прозвище — уменьшительный или пренебрежительный, как в словах «болтушка», «говорушка». То есть «Фарафошка» — это не просто «болтун», а «болтунишка, пустомеля».

Встречается фамилия почти исключительно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Это не случайно: именно в северных и северо-западных говорах слово «фарафонить» (или «фарафошкать») фиксируется диалектологами с XIX века. В южных и сибирских регионах фамилия единична, что подтверждает её локальное происхождение.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с греческим именем Фарафон (от греч. «фарао» — «озарять») через форму Фарафонтий. Но в этом случае фамилия звучала бы как Фарафонов или Фарафонтьев. Форма с -шк- явно указывает на народно-разговорное переосмысление, а не на каноническую церковную основу. Поэтому версия с прозвищем-характеристикой выглядит убедительнее.

Сословная принадлежность носителей Фарафошкиных, судя по архивным записям, — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в записях о крестьянах Тотемского уезда Вологодской губернии и крестьянах-отходниках из Костромской губернии. Значит, предки Фарафошкиных — люди незнатные, но с яркой речевой особенностью, закреплённой в фамилии.