Фамилия Фарафошин происходит от просторечной формы старинного имени Ферапонт — Фарафоша. Само имя Ферапонт восходит к греческому слову therapontos, которое означает «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Так что в основе фамилии лежит не прозвище, а именно личное имя, точнее — его народная, обиходная версия, которая в старину звучала естественнее для русского уха, чем книжное Ферапонт.

Фамилия образована по самой распространенной модели: к основе Фарафоша добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Фарафошин — это буквально «сын Фарафоши», «тот, кто из семьи Фарафоши». Такой способ образования типичен для русских фамилий от имен, оканчивающихся на -а или -я: сравните с фамилиями Фомин, Никитин, Саввин.

Стоит обратить внимание на редкую двойную «а» в корне. В просторечии имя Ферапонт переиначивали по-разному: встречались формы Фарафон, Фарафоний, Фарафоша. Эта фамилия сохранила именно тот вариант, где первый слог звучит как «фара-», что выделяет её среди однокоренных, но более привычных Ферапонтовых или Фарафоновых.

Имя Ферапонт в православных святцах связано с несколькими раннехристианскими мучениками, поэтому оно было распространено среди духовенства и крестьян, особенно в северных и центральных русских землях. Носители фамилии Фарафошин, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, поскольку именно в этих сословиях чаще всего использовали просторечные формы канонических имен.

Отдельного упоминания заслуживает то, что фамилия не слишком частая, но и не исключительно редкая. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает миграцию крестьянского населения в этих направлениях в XVIII–XIX веках.