Имя Ферапонт образовано от греческого слова therapontos со значением «спутник, помощник», а также «ученик, слуга». Основой же для этой фамилии послужила просторечная форма этого имени – Фарафоша. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фарафоша, со временем получил фамилию Фарафошин.