Фамилия Фариен — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и здесь сталкиваются несколько версий, каждая из которых по-своему объясняет, как такое прозвище могло стать наследственным.

Первое, что бросается в глаза, — нетипичный для исконно русских фамилий суффикс -ен. В русской модели фамилии чаще образуются через -ов/-ев, -ин, -ский. Суффикс -ен характерен для украинской и белорусской традиции (ср. фамилии типа Коваленко, но в усечённой форме — Ковален, или отыменные вроде Тимошен). Если фамилия Фариен имеет восточнославянские корни, её основа могла быть усечена от украинской фамилии на -енко (например, Фаренко → Фариен), что иногда происходило при записи в российских документах.

Вторая, более вероятная версия — немецкое или голландское происхождение. Фамилия Farien или Fahrien встречается в Германии и Нидерландах. В немецком языке она может восходить к слову Fähre (паром) и означать «паромщик» — человека, который перевозил через реку. Либо к fahren (ехать, путешествовать) — прозвище странника или возчика. В таком случае фамилия Фариен попала в Россию с переселенцами-иностранцами (например, при Петре I или Екатерине II) и была русифицирована на письме.

Третий вариант — искусственное происхождение. В XIX веке семинаристы нередко придумывали себе фамилии на латинский или греческий манер. Fari по-латыни — «говорить», Fariens — «говорящий». Фариен могла быть «кабинетной» фамилией, данной выпускнику духовного училища за красноречие. Однако эта версия слабее, так как семинарские фамилии обычно заканчиваются на -ский или -ин.

Географически фамилия Фариен в России встречается единично, преимущественно в крупных городах, что говорит о её пришлом или позднем характере. В дореволюционных переписях она не фиксируется как массовая. Скорее всего, предки носителя фамилии были либо обрусевшими немцами (ремесленниками, инженерами), либо выходцами с Украины, чья фамилия претерпела сокращение. Точнее определить корень помог бы анализ архивов конкретной семьи.