Фамилия Фархатшин — редкий пример тюрко-татарской фамилии, образованной от арабского имени с помощью русского патронимического суффикса. Основа фамилии — мужское имя Фархат (Фархад), которое восходит к арабскому корню «фараха» — «радость», «веселье». В персидском варианте это имя известно как Фархад, а в татарском и башкирском языках оно закрепилось в форме Фархат. Значение — «радостный», «ведущий к радости».

Ключевая особенность этой фамилии — формант «-шин». В русских фамилиях суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Фархатшин буквально значит «сын Фархата». Но в тюркской среде этот суффикс присоединялся к основе напрямую, минуя промежуточное отчество. В результате мы видим не «Фархатов» (как было бы у русских), а «Фархатшин» — с сохранением тюркского произношения имени и добавлением русского родового окончания. Такая модель типична для татарских и башкирских фамилий, которые оформлялись в XIX — начале XX века, когда началась массовая фиксация фамилий у нерусского населения.

Географически фамилия Фархатшин распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах компактного проживания татар и башкир. Встречаются варианты написания: Фархатшин и Фархатшина (женская форма, которая не склоняется по падежам). Ударение обычно падает на второй слог: Фарха́тшин.

С точки зрения социального происхождения, носители фамилии — потомки крестьян или ремесленников. Среди татар и башкир фамилии на «-шин» не были признаком знатного рода, в отличие от русских дворянских фамилий на «-ский». Поэтому предки Фархатшиных скорее всего были свободными земледельцами или торговцами, а само имя Фархат могло быть дано в честь легендарного персидского строителя Фархада — персонажа поэмы Низами «Хосров и Ширин», известного в мусульманском мире как символ верной любви и трудолюбия.

В отличие от многих фамилий, у которых есть несколько версий происхождения, для Фархатшина альтернатив практически нет: арабское имя и русский суффикс — единственная убедительная лингвистическая модель.