Фамилия Фармагеев — редкая и неочевидная для носителя русского языка. В её основе лежит не славянское имя или прозвище, а заимствованное слово, что сразу указывает на особый путь её возникновения.

Корень фамилии — «фармагей». Это искажённая или адаптированная форма греческого слова «фармакия» (φαρμακεία), что означает «лекарство», «зелье», «колдовство» или «отрава». В греческом языке у этого корня двойственное значение: он связан как с врачеванием (фармацевтика), так и с магией и ядами. В русской народной среде «фармагеем» могли называть знахаря, лекаря, травника или человека, который варил снадобья. В некоторых говорах слово приобрело ироничный или пренебрежительный оттенок — так могли сказать о шарлатане или колдуне.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе «Фармагей» добавили суффикс принадлежности -ев, отвечающий на вопрос «чей?». Фармагеев буквально означает «сын Фармагея» или «из рода Фармагея». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что исходное слово заканчивалось на мягкий согласный (й). Такая модель широко распространена в русских фамилиях (например, Андреев, Алексеев), но в сочетании с редкой греческой основой она даёт уникальный результат.

Географически фамилия, скорее всего, тяготеет к югу России или к регионам, где было сильно влияние греческой культуры — например, к бывшим территориям Новороссии, Приазовью или Крыму. Там греческие переселенцы и их потомки оседали, и их прозвища могли русифицироваться. В центральных и северных областях России фамилия практически не встречается.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Фармагеев вряд ли принадлежали к дворянству. Это фамилия, возникшая в среде крестьян, мещан или казаков. Прозвище «фармагей» давали человеку по занятию — скорее всего, он был сельским лекарем или знахарем, к которому ходили за травами и примочками. В условиях, когда официальная медицина была недоступна, такой человек пользовался уважением, но и некоторой опаской.

Сравните с однокоренными фамилиями — Фармаковский (польско-украинский вариант с суффиксом -овский) или Фармазюк (украинский вариант). Фармагеев стоит особняком: он сохранил более архаичную и простонародную форму, без книжных или дворянских суффиксов. Это прямая улика на то, что предок носителя фамилии был не аптекарем в городе, а деревенским знахарем с сомнительной репутацией.