Фамилия Фармагей — редкая и загадочная, и её происхождение вызывает споры. Однозначного ответа нет, но есть несколько версий, и самая убедительная из них связана с греческим словом «farmakeu» — «лекарство, отрава, яд, волшебство, ведовство». В древнегреческом языке это слово имело двойственный смысл: оно могло означать и врачевание, и колдовство, а также «собирательницу ядовитых зелий» или «колдунью». Вероятно, прозвище Фармагей, лёгшее в основу фамилии, получил знахарь — человек, который лечил травами, или же тот, за кем закрепилась слава обладателя странных, магических способностей. В народе грань между лекарством и отравой часто была зыбкой, поэтому такое прозвище могло отражать как уважение к умению знахаря, так и опаску перед его силой.

Впрочем, есть и другие гипотезы. Возможно восточное происхождение этой фамилии — от тюркского «фарман», что значит «указ, государственное постановление». В таком случае прозвище Фармагей мог получить человек, имевший отношение к писанию или оглашению указов, либо тот, кто отличался властным, повелительным нравом. Менее вероятной выглядит связь с видоизменённым монгольским словом «хармаг» — «метель, вьюга, пороша». Эта версия кажется натянутой: слишком далеко фонетическое расстояние от «хармаг» до «Фармагей», и прозвища, образованные от погодных явлений, встречаются реже, чем прозвища по ремеслу или характеру.

Сам суффикс -ей в русской ономастике не типичен для фамилий, образованных от прозвищ, — чаще встречаются -ов, -ин или -ский. Это наводит на мысль, что фамилия могла прийти в русский язык из греческой или тюркской среды через украинское или белорусское посредничество, где подобные формы встречались чаще. В любом случае, носитель фамилии Фармагей — обладатель редкого родового имени, которое хранит память либо о древнем знахарском ремесле, либо о восточных корнях предков, либо о суровом характере того, кто первым получил это прозвище.