Согласно одной из них, данная фамилия происходит от греческого «farmakeu» - «лекарство, отрава, яд, волшебство, ведовство», а также «собирательница ядовитых зелий», «колдунья». Вероятно, прозвище Фармагей, легшее в основу фамилии, получил знахарь или человек, обладавший странными, магическими способностями. Возможно и восточное происхождение этой фамилии – от тюркского «фарман» - «указ, государственное постановление», либо от видоизмененного монгольского слова «хармаг» - «метель, вьюга, пороша».