Фамилия Фармаковский — самобытный памятник славянской культуры, а её носитель может по праву гордиться ею как ценным источником семейной истории. В основе фамилии лежит прозвище Фармак, которое восходит к греческому слову φάρμακον — «лекарство» или «яд». Скорее всего, так называли человека, который занимался врачеванием, производством или продажей лекарств.

Образ прозвища уходит корнями в глубокую древность. В древнегреческих мифах упоминаются сказочные сады в царстве короля Колхиды Айета, где росли целебные и ядовитые растения. Сады обносили высокими стенами, а охраняли их собаки с горящими глазами. Приготовлением снадобий там занимались фармакиды — волшебницы, знавшие тайны действия ядов и лекарств. Не случайно наука о действии лекарств получила название фармакологии. Фармакиды промышляли и ядами, среди которых называли мандрагору, белену и дурман.

В истории православия известен иеромонах Феоклит Фармакид, принимавший деятельное участие в устройстве управления Церкви Королевства Греческого. Это был человек либеральных взглядов, требовавший приспособления церковных начал к современным условиям жизни.

Существует и другая версия происхождения фамилии. Возможно, именование Фармак восходит к польскому слову farma (ferma) — «ферма». Тогда прозвище мог получить фермер или человек, живший рядом с фермой.

Суффикс -ский указывает на типичную модель образования дворянских и шляхетских фамилий, распространённую в польско-украинско-белорусских землях. Такая форма часто означала принадлежность к месту или роду занятий. Прозвище Фармак закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование и со временем легло в основу фамилии Фармаковский.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Фармаковский можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.