Фамилия Фартусова — женская форма фамилии Фартусов, и её разговорное, неофициальное происхождение сразу заметно по суффиксу -ов. Она образована от прозвища или нецерковного имени Фартус, а не от слова «фартук», хотя звуковое сходство тут обманчиво.

В основе фамилии лежит диалектное слово «фартус» или «фортус». В говорах русского севера и Урала так называли бойкого, расторопного человека, иногда — удачливого или пронырливого. Сравните с однокоренными фамилиями Фортусов, Фартушин — они встречаются в архангельских и вятских переписях XVII–XVIII веков. Слово восходит к латинскому «fortuna» (судьба, удача), но попало в русский язык не напрямую, а через польское или украинское посредство, где «fart» означало везение. В просторечии «фартовый» — тот, кому везёт, и Фартус — скорее всего, именно такое прозвище.

Версия с фартуком (передником) менее вероятна: слово «фартук» — заимствование из немецкого «Fürtuch», и прозвище Фартук в русской ономастике действительно есть (например, у крестьян Тверской губернии), но суффикс -ус указывает на иную модель образования. Фартус — не уменьшительная форма, а скорее прозвище с оттенком иронии или уважения: «везунчик», «счастливчик».

Фамилия редкая. По переписям XIX века носители Фартусовы встречались в Вологодской и Пермской губерниях — в зоне севернорусских говоров. Сословно это были преимущественно государственные крестьяне, реже — мещане. Второй ударный слог (Фартусо́ва) сохраняет диалектное произношение, хотя в современном языке встречается и вариант с ударением на первый слог.

Таким образом, Фартусова — фамилия, которая говорит о характере предка: его называли удачливым или ловким человеком, и это прозвище закрепилось за родом.