Фамилия Фарукша — редкая и сложная для однозначной этимологии. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или арабская, что сразу отличает её от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский. В русском языке она звучит необычно из-за отсутствия суффикса, который бы указывал на принадлежность («чей?»), — это характерно для фамилий, которые закрепились в форме прозвища или имени без переделки.

Самая вероятная версия связывает фамилию с арабским именем Фарук (Фарух, Faruq), что означает «отличающий истину от лжи», «различающий добро и зло». Это имя носил второй праведный халиф Умар ибн аль-Хаттаб, получивший прозвище аль-Фарук. В тюркских языках имя могло трансформироваться в Фарукша — с добавлением уменьшительно-ласкательного суффикса -ша (как в именах Алиша, Ильшат, Минша). Таким образом, Фарукша могло быть домашней формой имени Фарук: «маленький Фарук» или «Фарушка».

Другая, менее вероятная версия — что это искажённое тюркское слово, связанное с профессией или прозвищем. Например, в некоторых тюркских диалектах «фарук» могло означать «плотник» или «ремесленник», но эта гипотеза слабая и не подтверждается словарями. Скорее всего, фамилия имеет именно именное происхождение.

Географически фамилия Фарукша встречается в основном среди народов Поволжья и Урала — татар, башкир, а также у азербайджанцев и народов Северного Кавказа. В русском контексте она могла появиться при оформлении документов в XIX веке, когда тюркские имена записывали на слух, без строгих правил. Поэтому возможны варианты написания: Фарукшин, Фарукшев, Фарукшов, но форма Фарукша — это, вероятно, первоначальная, «сырая» запись прозвища или имени.

В отличие от фамилий, образованных от названий животных или предметов, Фарукша несёт в себе религиозно-культурный оттенок: предок, носивший такое имя, мог быть мусульманином, возможно, уважаемым в общине человеком. Сословной привязки нет — крестьяне, купцы или духовные лица, но без дополнительных генеалогических изысканий определить точнее не получится.