Фамилия Фарукшин напрямую отвечает на вопрос о происхождении: её основа — народная, разговорная форма старинного имени Фарукша, а то, в свою очередь, восходит к древнеиранскому Фаррух. В переводе с персидского это имя значит «счастливый», так что предки носителя фамилии, скорее всего, носили имя-пожелание удачи и благополучия. Суффикс -ин в русской модели образования указывает на принадлежность: «чей-то сын», то есть Фарукшин — потомок человека по имени Фарукша.

Сама форма Фарукша — это типичный для тюркской среды вариант адаптации иранского имени: звук «х» на стыке смягчился, а окончание приобрело привычный для разговорной речи вид. Такие имена были распространены у татар и башкир, поэтому фамилия встречается в Поволжье и на Урале, хотя сегодня её носители живут по всей России.

Существует и альтернативная гипотеза, выводящая основу из французского слова farouch — «инкарнатный клевер». Она звучит экзотично, но правдоподобием не отличается: для русской фамилии, укоренённой в тюркской среде, заимствование из французского ботанического термина маловероятно, тогда как иранское имя органично вписывается в исторический контекст. Так что версия со «счастливым» остаётся основной.

Среди известных носителей — Мидхат Фарукшин, член-корреспондент Академии наук Республики Татарстан, доктор философских наук (1978) и профессор (1980), а также Раян Фарукшин, поэт и прозаик. Эти примеры показывают, что фамилия не затерялась в истории: её носители оставили след в науке и литературе, что косвенно подтверждает её давнюю укоренённость в татарской культурной среде.