Фамилия Фаракшин образована от имени Фаракша, которое, в свою очередь, восходит к арабскому имени Фаррухшах. Корень «фаррух» означает «счастливый, блаженный, благословенный», а «шах» — «царь, правитель». Полное значение составного имени — «счастливый владыка». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя было распространено в сокращённой форме Фаракша, что и легло в основу фамилии.

Словообразовательная модель типична для фамилий тюркских народов России: к основе на гласный (-а) добавляется русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). То есть Фаракшин буквально означает «потомок Фаракши». Суффикс -ин, а не -ов, характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я, и это одна из примет, по которой можно отличить фамилии, возникшие от прозвищ или имён с гласным окончанием.

Географически фамилия Фаракшин встречается преимущественно в среде казанских татар и башкир, а также у мишарей. Встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. В дореволюционной России носители фамилии относились к сословию государственных крестьян или мещан, реже — к купечеству, но в основном это были земледельцы и ремесленники из мусульманских общин.

В ономастических справочниках фамилию Фаракшин нередко путают с однокоренной Фархутдинов (от Фархутдин — «счастье веры»), но разница принципиальна: в основе Фаракши нет религиозного компонента «дин» (вера), а есть светский титул «шах». Поэтому исходное имя — скорее доисламского или раннеисламского происхождения, популярного среди тюркской знати и воинов.