Фамилия Фаракшина — женская форма фамилии Фаракшин, и её происхождение ведёт нас в тюрко-татарскую языковую среду. Основа фамилии — имя Фаракша, которое представляет собой диалектный или фонетический вариант арабского имени Фарук (Фарух). В переводе с арабского Фарук означает «различающий истину и ложь», «справедливый», а Фарух — «счастливый», «благословенный». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, звук «к» часто переходил в более мягкий «х» или «ш», поэтому Фарук превратился в Фаракш или Фаракша.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики, но с восточным корнем. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Фаракшин — сын Фаракши. Такие фамилии массово возникали у крещёных татар, мишарей и башкир в XVI–XIX веках, когда представители тюркских народов принимали православие и получали фамилии по имени отца. В отличие от славянских фамилий на -ов, где основа часто была мирским прозвищем, здесь мы видим прямое заимствование личного имени с религиозным подтекстом.

Фамилия редкая и имеет узкую географию. Основные очаги — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. Встречаются варианты написания Фаракшина и Фаракшина (с ударением на второй или третий слог), что связано с местными говорами и акцентами. В дореволюционных метрических книгах можно найти запись «Фаракшин» как отчество, а фамилия закрепилась уже в советское время при паспортизации.

С точки зрения социального контекста, предки носителей фамилии Фаракшина — скорее всего, государственные или ясачные крестьяне из тюркской среды, не принадлежавшие к высшей знати. Княжеских или мурзинских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XX веке фамилия встречается среди рабочих и служащих, что подтверждает её «народное» происхождение без привязки к аристократии.