Фамилия Фарукшина образована от мусульманского мужского имени Фарукша, и это сразу говорит о её восточных корнях. Само имя — сложное, двухкомпонентное, что типично для многих имён тюркского и арабского происхождения. Первая часть, «фарук», восходит к арабскому языку и означает «умеющий точно отделять хорошее от плохого», то есть человек, обладающий проницательностью и справедливостью. Вторая часть — «ша» — это вариант слова «шах», которое пришло из иранского языка со значением «царь, монарх». В составе личных имён этот элемент давно утратил прямое значение правителя и превратился в почётный компонент, призванный подчеркнуть значительность и превосходство носителя имени над другими людьми.

Имя Фарукша, а вместе с ним и фамилия, бытует в среде татар и других народов, исповедующих ислам, в Поволжье и Приуралье. Суффикс -ин в фамилии указывает на традиционную русскую модель образования от основ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный: Фарукша — Фарукшин, то есть «сын Фарукши». Такая модель прижилась и у крещёных, и у мусульманских народов, когда фамилии оформлялись по русскому образцу, но сохраняли исконное имя предка.

Среди носителей фамилии есть люди, оставившие след в науке и литературе. Мидхат Фарукшин — член-корреспондент Академии наук Республики Татарстан, доктор философских наук (1978), профессор (1980). Раян Фарукшин — поэт и прозаик, известный в татарской литературе. Эти примеры показывают, что род Фарукшиных не был затерян в истории, а дал заметные фигуры в интеллектуальной среде.

Процесс закрепления фамилии у предков Фарукшиных шёл долго, как и у большинства родов, поэтому точно указать место и время её возникновения можно лишь после обращения к генеалогическим исследованиям. Однако сам разбор имени даёт ясное представление о том, каким был первый носитель: человек, которого нарекли Фарукшей, по замыслу родителей должен был сочетать в себе мудрость судьи и достоинство царя.