Фамилия Фарукшина восходит к мусульманскому мужскому имени Фарукша. Оно, как и большинство имен восточного происхождения, имеет сложную основу и образовано от двух именных компонентов: «фарук» и «шах». Имя Фарук в переводе с арабского означает «умеющий очень точно отделять хорошее от плохого». Второй же элемент — ша (вариант слова «шах») — пришло из иранского языка, где имело значение «царь, монарх». Со временем оно утратило своё прямое значение и стало прибавляться к именам нарицательным, обозначая их превосходство, отличие от других. В составе же личного имени элемент «шах» призван подчеркнуть значительность носителя этого имени, его превосходство над другими людьми. Среди однофамильцев известны Мидхат Фарукшин - член-корреспондент Академии наук Республики Татарстан, доктор философских наук (1978), профессор (1980) и Раян Фарукшин - поэт и прозаик. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фарукшиных можно лишь на основании генеалогических исследований.