Фамилия Фарухшина — редкий случай в русском ономастиконе, который почти наверняка не русского, а тюрко-персидского происхождения. Судя по структуре, это женская форма фамилии Фарухшин, образованная с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, указывающего на родство: «чей?» — Фарухшин, то есть «сын (или дочь) Фарухши».

Самая интригующая часть — основа «Фарухш». Здесь мы видим сложение двух восточных корней. Первый — «Фаррух» (или «Фарух»), восходящий к среднеперсидскому (пехлеви) farrox — «счастливый», «благословенный», «сияющий». Второй компонент — «-ша» — это сокращение от персидского «шах» (царь, владыка). Таким образом, имя Фарухша (а фамилия образована от него) буквально означает «счастливый царь» или «царь удачи». В тюркских языках, куда это имя попало через исламскую культуру, оно могло звучать как Фарукша или Фарухша.

На русской почве фамилия закрепилась с ударением на второй слог (Фару́хшина), что типично для фамилий тюркского корня с суффиксом -ин. Носители фамилии, скорее всего, происходят из татарской или башкирской среды, где были распространены сложносоставные имена с компонентом «шах» (например, Алиша, Ахметша). Предок, получивший прозвание Фарухша, мог быть человеком видным, возможно, мелким князьком или духовным лицом, но само имя давали и простым людям как пожелание удачи и благополучия.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России более универсальны, фамилия Фарухшина чётко маркирует этническую принадлежность и историю миграции: её носители — потомки тюркоязычных народов, принявших русскую фамильную модель. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в регионах компактного проживания татар.