Фамилия Фаррухшина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной или единственно известной. Её основа — мужское имя Фаррухшах, которое состоит из двух персидских корней: «фаррух» (счастливый, благословенный) и «шах» (царь, владыка). В буквальном переводе — «счастливый царь» или «благословенный владыка». В русской среде такое имя, скорее всего, попало через тюркское посредничество — у татар, башкир или народов Средней Азии имена с компонентом «шах» были распространены как дань восточной традиции.

Словообразовательная модель здесь простая, но не самая частая. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Фаррухшина — дочь или жена человека по имени Фаррухша. В русском языке фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или мягкий согласный, но здесь основа усечена — от полного имени Фаррухшах осталась только первая часть. Такое усечение типично для адаптации длинных восточных имён: полная форма «сын Фаррухшаха» звучала громоздко, поэтому в быту закрепился вариант Фаррухшин.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где традиционно сильны татарские и башкирские роды. Встречается она крайне редко — это не массовая фамилия, а скорее локальная, возможно, ведущая начало от одного конкретного рода. Если искать однокоренные параллели, то в татарской среде известны фамилии Фаррухов, Фаррахутдинов, а также Фаррухшахов — последняя как раз сохраняет полную форму имени.

С социальной точки зрения носители такой фамилии вряд ли принадлежали к высшей аристократии — скорее к духовенству, купечеству или зажиточным крестьянам. Имя Фаррухшах нередко давали в семьях мулл или людей, близких к исламской образованности, поскольку оно несло пожелание благополучия и высокого положения. В документах XIX — начала XX века эта фамилия могла писаться с вариациями: Фаррухшина, Фаррукшина, а иногда и Фаррухшина — с двойным «р», что отражает произносительную норму.