Фамилия Файрукшин образована от тюркского имени Файрукша, которое восходит к арабскому Файрузшах — «победоносный шах», «сияющий владыка». В основе лежит арабское «файруз» (бирюза, победа, счастье) и персидское «шах» (царь, правитель). Имя было распространено в среде татар и башкир, где арабские и персидские антропонимы смешивались с местной традицией. Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: Файрукшин — «сын Файрукши» или «из рода Файрукши».

Модель образования типична для тюркских фамилий, адаптированных русской грамматикой: основа на -а присоединяет -ин, а не -ов (сравните: Абдуллин, Ахметшин, Файзуллин). Это отличает фамилию от славянских вариантов с -ов/-ев и указывает на её волго-уральское происхождение. Встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарской диаспоры в регионах России.

Узкий круг носителей и отсутствие массовых вариаций (Файрукшин, а не Файрукшев) говорят о том, что фамилия закрепилась в одном роду, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда татары получали официальные фамилии по имени отца. Вариант Файрукшин мог возникнуть из-за местного произношения: в некоторых говорах «ша» переходит в «кша» или «хша». Другие версии — связь с арабским «файрук» (различение, разделение) — маловероятны, так как имя Файрукша зафиксировано в именословах, а абстрактное прозвище в таком контексте не встречается.

По социальному составу предки Файрукшиных — скорее всего, крестьяне или ремесленники из татарских деревень, реже — представители духовенства, так как имя Файрукша часто давали в религиозных семьях. Фамилия недворянская, не попала в родословные книги Российской империи, но сохранила связь с древним восточным именем, которое носили правители и полководцы в эпоху средневековья.