Фамилия Фатафутдинов образована от имени Фатафутдин, диалектного варианта мужского тюркского имени Фатхутдин. Первая из них восходит к арабскому имени Фатхут - «открывающий двери счастья, прокладывающий путь, завоевывающий что-либо, побеждающий, достигающий успеха». Таким образом, один из возможных вариантов перевода имени Фатхутдин звучит как «открывающий путь к религии». Таким образом, потомок человека, которого звали Фатафутдин, со временем получил фамилию Фатафутдинов.