Фамилия Фатфулин — тюркская по происхождению, образованная по русской модели с суффиксом -ин. Основа фамилии — личное мужское имя Фатфулла, которое в свою очередь восходит к арабскому «Фатхулла» (فتح الله) — «победа Аллаха», «дар Божий». Имя это составное: «фатх» (победа, открытие, дар) и «Аллах» (Бог). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя нередко произносилось как Фатфулла, а в бытовой речи могло сокращаться до Фатфул. От этой краткой формы и появилась фамилия Фатфулин.

Суффикс -ин, а не более распространённый -ов, указывает на то, что в основе лежит имя или прозвище, оканчивающееся на согласный или мягкий знак. В русской ономастике -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я, но для тюркских имён, которые в русском склонении ведут себя как существительные мужского рода с нулевым окончанием, этот суффикс стал стандартным. То есть Фатфулин буквально значит «сын Фатфула» или «потомок Фатфуллы».

Географически фамилия наиболее характерна для татар и башкир, рассеянных по Поволжью, Приуралью и Западной Сибири. Встречается она и у представителей других тюркских народов, но значительно реже. Интересная деталь: в метрических книгах и документах XIX века можно встретить вариант написания «Фатфуллин» — с двойной «л», что точнее передавало арабскую графику имени. Со временем двойная согласная упростилась, и сегодня нормативным считается написание с одной «л».

В отличие от многих фамилий, образованных от названий профессий или прозвищ, Фатфулин — чисто патронимическая фамилия. Она не говорит о роде занятий предка, а только указывает на его имя. Это значит, что носитель фамилии — потомок человека, которого звали Фатфулла. Социальный состав носителей был разнообразен: среди татарских крестьян, купцов и духовенства встречались люди с этой фамилией. Никакой узкой сословной привязки не прослеживается.