Фамилия Файхуханова — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа — тюркское или арабо-тюркское имя Файхухан, которое состоит из двух частей: «Файх» (возможно, искажённое арабское «Файз» — «победа», «удача», «щедрость») и «хан» — титул верховного правителя, князя. Вместе имя могло означать «победоносный хан» или «хан удачи». Такие составные имена с компонентом «хан» были популярны у народов Поволжья и Средней Азии, особенно у татар и башкир, где они подчёркивали знатное происхождение или пожелание власти.

Суффикс «-ова» указывает на типично русскую модель образования женской формы фамилии от мужской (Файхуханов). Мужской вариант, в свою очередь, образован притяжательным суффиксом «-ов»: буквально «чей?» — «Файхуханов», то есть «потомок Файхухана». Это говорит о том, что фамилия закрепилась в русской среде не позднее XIX века, когда татарские и башкирские роды массово получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Файхуханова почти наверняка привязана к Татарстану, Башкортостану или Оренбургской области — регионам, где жили тюркоязычные мусульмане. В дореволюционной России носители такой фамилии относились к сословию государственных крестьян или мещан, реже — к купечеству, но не к дворянству, так как титул «хан» в фамилии не свидетельствует о реальном княжеском статусе, а лишь об имени предка.

Стоит заметить, что имя Файхухан — нестандартное: в классических татарских именниках чаще встречаются варианты Файзулла, Файзрахман или Файзи. Возможно, «Файхухан» — это диалектная или записанная на слух форма, где конечное «-у» возникло из-за особенностей произношения. Других фамилий с таким корнем в русских базах почти нет, что делает Файхуханову уникальным родовым именем, сохранившим редкое имя предка.