Фамилия Файханова — женская форма от Файханов, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Основа здесь — тюркское мужское имя Файхан, что ставит фамилию в ряд восточных по происхождению, но адаптированных русской моделью на -ов/-ев. Имя Файхан состоит из двух частей: «фай» (от арабского «файд» — польза, изобилие, или «фаиз» — победитель) и «хан» (тюркский титул правителя, князя). В сумме получается что-то вроде «хан, несущий благо» или «победоносный правитель». Такие составные имена с компонентом «хан» были распространены у татар, башкир, казахов и других тюркских народов, особенно в среде знати или духовенства.

Русский суффикс -ов присоединился к основе Файхан по стандартной схеме: так в XIX–XX веках оформляли фамилии выходцев из мусульманских регионов Российской империи, переходивших на русское делопроизводство. Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду — «дочь или жена Файхана». Носительница фамилии Файханова, скорее всего, имеет корни в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) или на Северном Кавказе, где такие антропонимы встречаются чаще.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где суффикс часто «съедает» конечный звук основы (Иван → Иванов), здесь он сохранил имя почти без изменений — Файхан + ов. Это говорит о том, что имя Файхан воспринималось как цельное и не требовало усечения. Встречаются также варианты написания Файханов с буквой «х» или «к» (Файканов) — это может быть следствием диалектного произношения или ошибок в документах. Если в семье есть предание о предке-мулле или воине, оно вполне согласуется с семантикой имени: «Файхан» звучало весомо и давалось не случайно.